In het Noordzeeoverleg zijn in totaal vijftien zetels beschikbaar die verdeeld zijn onder relevante ministeries en organisaties in de sectoren energie, voedsel, natuur en zeevaart. Drie van deze zetels zijn voor de deelnemende ministeries en twaalf zetels zijn eerlijk verdeeld tussen energie, voedsel, natuur en zeevaart. Iedere zetel levert maximaal drie vertegenwoordigers aan die na overleg met hun achterban deelnemen aan het Noordzeeoverleg.
In de tweede ring hebben organisaties plaats die niet direct deelnemen maar ook belang hebben bij de uitkomsten van het Noordzeeoverleg. Het gaat om organisaties uit de eerdergenoemde sectoren.
Alle ministeries en organisaties die deelnemen aan het Noordzeeoverleg zijn vastgelegd en benoemd door de minister van Infrastructuur en Waterstaat. Om het Noordzeeoverleg in goede banen te leiden is Sybilla Dekker, minister van Staat en oud-minister van Volkshuisvesting, Ruimtelijke Ordening en Milieubeheer aangewezen als voorzitter van het overleg. De voorzitter krijgt ondersteuning van het secretariaat afkomstig van het Overlegorgaan Fysieke Leefomgeving.
Lijst met deelnemers
In de hieropvolgende lijsten zijn alle deelnemende ministeries en organisaties verder toegelicht en is er, indien beschikbaar, een link toegevoegd naar de website van het ministerie of de organisatie.
Energie
Natuur
Voedsel en visserij
Zeevaart
Rijksoverheid
Daarnaast is de voorzitter van het IDON (Interdepartementaal Directeuren Overleg Noordzee) in het Noordzeeoverleg aanwezig als rijkscoördinator.